Обязательно ли уволить мигранта....

наша сотрудница, гражданка Узбекистана, в данный момент получает новый патент (не продление). Выезд был на пару дней в соседнее государство.  Обязательно ли ее надо уволить, а потом заново взять на работу соответственно заключить новый трудовой договор, или можно ее отстранить от работы на время оформления/получения нового патента, договор оставить прежним, а к нему сделать доп. соглашение с новыми данными.

Работодатель обязан отстранить работника от работы с момента окончания предыдущего документа, дающего право работать в РФ, до получения нового, но не более чем на месяц. Если месяц истечет, а документ не будет представлен - работодатель работника увольняет. Если до истечения месяца документ будет представлен - трудовые отношения продолжаются, работник допускается к работе.

Не нарушем ли мы миграционное законодательство, т.к. получется эта сотрудница два предыдущих года без выезда уже находилась в России. 

Какое отношение оформление трудовых отношений имеет к миграционному законодательству? Поскольку при выезде сотрудница автоматически снялась с миграционного учета - вам надо поставить ее на учет как принимающей стороне заново.