Правила ВТР. Подскажите.

Существует компания, где в структуре есть работники офиса, которые работают с 9 до 18 часов и есть магазины (около 30), где сотрудники работают в режиме гибкого рабочего времени и по сменному графику в соответствии с часами работы магазинов или отделов в магазинах.
Подскажите пожалуйста как грамотно отразить в Правилах ВТР часы работы для работников в магазинах? Я понимаю так, что в каждом магазине, должен быть свой внутренний трудовой распорядок (как его делать, по каким правилам?) И как в основных правилах ВТР Компании отразить это?
Что делать, как правильно написать?